Luego de googlear un poco, encontré un thread en UbuntuForums, en el que exponían el mismo problema. La solución es sencilla, hay que editar /etc/X11/xorg.conf y cambiar, dentro de la sección “Screen”, subsección display, el valor de la resolución virtual para que encaje de nuevo con la resolución que estamos usando. Para editar el archivo podemos usar en una consola sudo gedit /etc/X11/xorg.conf (cambiar gedit por otro editor si asi lo desean: nano, geany, kate, …)

Por ejemplo, una configuración errónea para una pantalla de 1366×768 podría decir:

[...]
Section “Screen”
Identifier “Configured Screen Device”
Device “Configured Video Device”
SubSection “Display”
Virtual 2390 768
EndSubSection
EndSection
[...]

Arreglado para esa resolución quedaría:

[...]
Section “Screen”
Identifier “Configured Screen Device”
Device “Configured Video Device”
SubSection “Display”
Virtual 1366 768
EndSubSection
EndSection
[...]

Este problema esta causado porque algunas tarjetas de intel no soportan renderizado 3D en tan altas resoluciones, por lo que se utiliza el renderizador de software y compiz se niega a arrancar. ¡Espero que toda esta explicación le sirva a alguien!